Я часто встречаю в различных проектах первый вариант при поиске ближайшей цели, например. Уж не знаю, почему так получается, но, наверное, люди не особо вникают в то, как это работает.
sqrMagnitude внутри: x*x + y*y + z*z
Вектор3.Расстояние внутри: sqrt(x*x + y*y + z*z)
В sqrMagnitude по результатам Пифагора мы вычисляем расстояние между точками, тут все просто.
Но когда мы можем использовать sqrMagnitude? Самое банальное: проверка расстояния, когда точка высчитывает расстояние одинаково. Получается, что корень считает, что у нас нет никаких потребностей, если нам нужно найти ближайший объект или, например, определить, находится ли юнит в радиусе для выстрела.