Я уже писал про PackTextures , но эта штука ломается, если невозможно запаковать текстуры, т.к. их размер увеличивается максимальный размер атласа. Для этого можно использовать GenerateAtlas, т.к. этот метод ничего не делает с текстурами, а только работает с ректами и возвращает true, если все объекты поместятся в атлас. То есть можно сначала вызвать его, а потом использовать PackTextures, либо запаковать самостоятельно, с помощью SetPixels.