Я часто встречаю в различных проектах первый вариант при поиске ближайшей цели, например. Уж не знаю почему так получается, но, наверное, люди не особо вникают в то как это работает.
sqrMagnitude внутри: x*x + y*y + z*z
Vector3.Distance внутри: sqrt(x*x + y*y + z*z)
В sqrMagnitude по теореме Пифагора мы вычисляем расстояние между точками, тут все просто.
Но когда мы можем использовать sqrMagnitude? Самое банальное: проверка расстояния, когда каждая точка вычисляет расстояние одинаково. Получается, что корень считать нам нет никакой нужды, если нам нужно найти ближайший объект или, например, определить находится ли юнит в радиусе для выстрела.