Вы, наверное, слышали про IJobParallelForTransform.
Это такая джоба, которая с удовольствием даст доступ к массиву трасформов ваших GameObject.
Но существует несколько интересных моментов, которые повлияют на производительность:
1. Если вы читаете трасформы и не меняете их - помечайте их как ReadOnly (Запускайте джобу через ScheduleReadOnly), это повлияет на выполнение джобы.
2. Раскидайте элементы по нескольким рутам иерархии, группировав их по 64/128/256 штук.
То есть если у вас на сцене в руте 10к GameObject и вы хотите их подвигать, то создайте N пустых GameObject и вложите в них по 64/128/256 ваших объектов.
Если этого не сделать, то ваша джоба будет всегда ожидаться главным потоком независимо от отсутствия Complete.